קרן נאמנות פטורה זכאית לפטור ממס על הכנסותיה ורווחיה.
פטור זה חל גם על רווחיה של קרן נאמנות פטורה ממכירת איגרות-חוב נסחרות ועל הכנסותיה הפיננסיות השוטפות שמקורן באיגרות-חוב נסחרות.
האמור לעיל כפוף לחריג שעניינו בקרן נאמנוּת פטורה שהייתה לפני 1.1.2006 קרן נאמנות מעורבת. לפי חריג זה, קרן נאמנוּת כזו המוכרת איגרות-חוב נסחרות שנחשבו לניירות-ערך זרים לפני 1.1.2006 ונרכשו לפני 1.1.2005 - תחויב במס בשיעור 19% על רווח ההון הריאלי שנצמח, לפי חלוקה ליניארית, עד ליום 1.1.2005; והיא תהיה פטורה ממס על יתרת רווח ההון הריאלי.
עוד יצוין, כי כאשר קרן נאמנות פטורה מקבלת הכנסות מריבית/דמי-ניכיון על איגרות-חוב נסחרות והכנסות אלו נצברו בתקופה שהאיגרות היו בבעלות משקיע אחר (כלומר, שלא במהלך תקופת החזקתן על-ידי קרן הנאמנות הפטורה) לא תהיה הקרן זכאית לפטור ממס בגין אותן הכנסות אלא אם האיגרות הוחזקו על-ידי קופת גמל אחרת הפטורה ממס או אם נקבע לגבי אותן הכנסות ריבית/דמי ניכיון פטור ספציפי ממס (למשל: ריבית שמקורהּ באיגרות-חוב ממשלתיות מוגנות מסוג גִילון חדש מסדרה 2302 הייתה בכל מקרה פטורה ממס בידי קרן נאמנות פטורה אף אם היא נצברה בתקופה שהאיגרות היו בבעלות משקיע אחר).