חברת קונטירה טכנולוגיות בע"מ ("המערערת") עוסקת במחקר ופיתוח עבוּר חברת האם שלה (100%) ("חברת האם") המאוגדת במדינת דלאוור שבארה"ב.
בהסכם שנכרת בשנת 2005 ("ההסכם") בין המערערת לבין חברת האם נקבע, כי תמורת שירותי המחקר והפיתוח שתבצע המערערת עבוּר חברת האם תשלם האחרונה למערערת את הוצאותיה בקשר לכך ("הוצאות הביצוע") בהפחתת הוצאות להפרשות סוציאליות של עובדי המערערת ובצירוף 7% מהוצאות הביצוע. דהיינו, הצדדים התקשרו בעסקה מסוג + Cost.
בהקשר זה יצוין, כי המערערת הגישה למשיב חקר שוק (כקבוע בתקנה 2 לתקנות מס הכנסה (קביעת תנאי שוק), התשס"ז–2006), לפיו שיעורי הרווח מהוצאות הביצוע ב"טווח הבין-רבעוני" נעים בין 4.5% לבין 15.3%.
בשנים 2009 ו-2010 הקצתה חברת האם לעובדי המערערת אופציות הניתנות למימוש למניות חברת האם. בעקבות זאת, נערך בשנת 2010 בין המערערת לבין חברת האם תיקון להסכם, בגדרו סוכם כי הָחל מיום 1.1.2008 הוצאות הביצוע לא תכלולנה (לעניין חישוב התשלום המגיע למערערת) את עלות הקצאת האופציות דלעיל (המערערת יישמה את תקן חשבונאות 24 של המוסד הישראלי לתקינה בחשבונאות ורשמה את עלות האופציות כהוצאה; ואילו בדו"חות ההתאמה למס דיוְוחה המערערת על הקצאת האופציות לפי מסלול "רווח הון" ללא ניכוי ההוצאה הכרוכה בהקצאה).
לטענת המשיב, פקיד-שומה תל-אביב 3, נטרול ההפרשות הסוציאליות ועלות הקצאת האופציות מקטין את הרווח מהוצאות הביצוע מ-7% ל-1.73% ושיעור זה חורג מטווח הרווח המקובל בעסקות דומות בין צדדים שאין ביניהם יחסים מיוחדים. על-כן, קבע המשיב, כי בהתאם להוראות סעיף 85א לפקודת מס הכנסה (שעניינו ב"מחירי העברה"), יש לכלוֹל בחישוב הרווח מהוצאות הביצוע את שווי האופציות (המשיב לא כָּלל בחישובו גם את ההפרשות הסוציאליות מחמת טעות).
השופט אלטוביה קבע, כי אין חובה כי סיווג תשלום שהוציא נישום יהא זהה לסיווג התקבול אצל מקבל התשלום ואין בעובדה שהמערערת בחרה במסלול ההוני שלפיו היא אינה זכאית לנכות את שווי האופציות מהכנסותיה כדי לגרוֹע מהיותן של הוצאות אלו הוצאות בייצור הכנסה המותרות בניכוי לצורכי מס.
עוד קבע השופט אלטוביה, כי יש לראות בהסכמה המקורית שהייתה בין המערערת לבין חברת האם לכלוֹל את שווי האופציות בהוצאות הביצוע בבחינת "מעשיך יעידו", דהיינו, ההסכמה המקורית של הצדדים מלמדת שבזמן אמת היה מקובל לכלוֹל את שווי האופציות בהוצאות הביצוע ורק בדיעבד שינו הצדדים את תנאי העִסקה באופן שיש בו כדי להסיט רווחים מהמערערת לחברת האם.
בנוסף, קבע השופט אלטוביה, כי המסקנה שיש לכלוֹל את שווי האופציות בהוצאות הביצוע נתמכת בכללי החשבונאות הרלבנטיים, דהיינו בתקן 24 שצוין לעיל; וכי יש לחשב את השווי האמור בהתאם לאותם כללי חשבונאות ולא על-פי חוות-הדעת הכלכלית שהמציאה המערערת מטעם פרופ' ח' אסיאג.
לאור האמור, ובהיעדר חקר שוק רלבנטי לעניין נטרול שווי האופציות מהוצאות הביצוע, קבע השופט אלטוביה, כי בדין התערב המשיב בתנאי ההסכם, הן לגבי שווי האופציות והן לגבי ההפרשות הסוציאליות.