ביום 20.12.2000 נחתם הסכם בין עיריית ירושלים, בשמה ובשם הוועדה המקומית לתכנון ולבניה בירושלים, לבין המערערת, ישיבת ויז'ניץ בית ישראל ודמשק אליעזר, במסגרתו הסכימו הצדדים כי העירייה תשלם למערערת פיצויים כדין בגין ההפקעה של זכויותיה במקרקעין שבבעלותה, וזאת תוך פירוט מפורש של רכיבי הפיצוי השונים: פיצוי בגין הפגיעה בשווי נכסי המקרקעין על-פי סעיף 197 לחוק התכנון והבנייה; פיצוי בעקבות ההפקעה של זכויות המערערת בחלקות על-פי התכניות הרלבנטיות; פיצוי בגין הפקעת זכויות המערערת ביתרת החֵלקות שלא נכללו בהפקעה שבתכנית; וכן הוצאות משפטיות והוצאות נלוות אחרות כדין. עם זאת, בהסכם לא נקבעו הסכומים בגין כל אחד מִרכיבי פיצוי אלה.
בעקבות שומה מיום 19.4.2001 שהוציא המשיב (מנהל מיסוי מקרקעין ירושלים) למערערת, נתגלעה מחלוקת בין המערערת לבין המשיב באשר לסיווג ראשי הפיצוי שבהסכם ואופן המיסוי הראוי של הסכומים ששולמו במסגרתו.
מחלוקת זו הגיעה לפתחה של ועדת-הערר אשר הכריעה במחלוקת בפסק-דין שניתן ביום 12.11.2006, אך בעקבות ערעור וערעור שכנגד שהגישו הצדדים על החלטת הוועדה (ע"א 7834/07) בוטלה החלטת ועדת-הערר והוחזרה לדיון מחדש; והחלטה חדשה בנושא ניתנה על-ידי הוועדה ביום 17.1.2012: הוועדה (השופט (בדימ') ע' קמא, רו"ח ש' מדהלה ושמאית המקרקעין א' אקשטיין) הֶעדיפה את עמדת המשיב וקבעה, כי אין לראות בפיצוי שניתן בגין רכישת יתרת החֵלקות על-ידי העירייה כפיצוי הפקעה, אלא כמכר מרצון. בנוסף, השטחים שהופקעו על-ידי חברת החשמל הוצאות מגֶדר הפיצויים בהסכם, וכימות הפיצוי בוצע בהתאם לעמדת המשיב. עוד נקבע לגבי השטח שיועד לדרך ובכך שוּנה ייעודו משמוּרת טבע, כי יש לקבוע את שוויו לפי 10% משווי השטח כסחיר בסביבתו. טענת המשיב לפיה יש לקחת בחשבון כי הרשות המפקיעה יכולה הייתה להפקיע ללא תמורה 40% מהמקרקעין נדחתה, וכן נדחתה טענת המשיב בדבר חוסר סמכותה של הרשות המקומית להפקיע שטח שיועד עבוּר חברת החשמל ועל-כן יש להפחיתם משטח ההפקעה. עוד נקבע, כי יש להחיל אל העִסקה דנן שיעור מס מכירה מופחת של 2.5%. באשר ליתרת החֵלקות, נקבע, כי עֵרכן לא נקבע בעקבות התכנית.
המערערת חָלקה על הכרעות ועדת-הערר, ומכאן הערעור לבית-המשפט העליון.
בית-המשפט העליון, מפי השופט י' עמית (בהסכמת השופטים צ' זילברטל ומ' מזוז) קיבל את הערעור.
השופט עמית ציין, כי השְאֵלה העומדת לפתחו של בית-המשפט היא מהי מהותה הכלכלית של העִסקה שנערכה בין המערערת לבין העירייה, ואם יש מקום לסיווג שונה או לסיווג מחדש של העִסקה, לצורכי גביית מס אמת; וכי יש לבחון האם הסכומים שהעירייה והוועדה המקומית התחייבו לשלם למערערת פוצלו באופן שרירותי, בניגוד לדין ולמהות הכלכלית שבבסיס ההסכם.
השופט עמית קבע, כי מקובלת עליו טענת המערערת כי על ההסכם חלה חזקת הכשרוּת והחוקיות מבּחינת העירייה והוועדה המקומית, וכי חזרה עליהן כי הַסכמתן לפַצות את המערערת בהתאם לארבעת רשאי הפיצוי שבהסכם – שאינו כולל ראש פיצוי בגין מכירה מרצון – ניתנה כדין, תוך התייחסות לשיקולים ענייניים בלבד.
עוד קבע השופט עמית, כי אמנם חזקה זו אינה מוחלטת וניתנת לסתירה, אך במקרה דנא לא רק שלא הובאו ראיות לסתור את החזקה, אלא שהחלוקה לארבעת ראשי פיצוי מעוגנת היטב בחוות הדעת שניתנה לעירייה, על-פי הזמנתה, על-ידי השמאי; מה גם שלא נטען, וממילא לא הוכח, כי לעירייה היו שיקולים נסתרים או שהצדדים פעלו שלא בתום לב.
בהתאם, קבע השופט עמית, כי יש לבכר את עמדת המערערת לפיה ההסכם אכן משַקף את מהותה הכלכלית-האמיתית של העִסקה ואת ארבעת רכיבי הפיתוי עליהם הוסכם, כך שלא היה מקום להתערבות המשיב ברכיבי הפיצוי תוך הוספת רכיב של מכירה מרצון.