ביום 10.5.1951 נכרת חוזה חכירה בין המדינה לבין חברת דגון בתי ממגורות לישראל בע"מ ("דגון"), במסגרתו הוחכרו לדגון מקרקעין באיזור נמל חיפה, לשם הקמתן והפעלתן של ממגורות לתבואה, בשני אגפים ("ההסכם הראשון").
בשנת 1960 נערך הסכם נוסף, במסגרתו הסכימו הצדדים על הקמת אגף נוסף, שלישי במספר, לבית הממגורות ("ההסכם השני").
בשנת 1968 הוסכם על הרחבה נוספת של בית הממגורות ונחתם הסכם לבניית אגף רביעי ("ההסכם השלישי").
תקופת החכירה הסתיימה ביום 1.2.2003, ועל הפרק עמדה, בין היתר, שאלת גובה הסכום שמוטל על המדינה (לרבות חברת נמלי ישראל בע"מ) לשלם לדגון, בהתאם להתחייבויותיה במסגרת ההסכמים.
בסעיף 45(א) להסכם הראשון נקבע, לעניין זה, כי: "הממשלה תשלם לחברה פיצויים עבור כל ההשקעות שנעשו על-ידי החברה במפעל, בהסכמת המדינה, תוך 14 השנים האחרונות לפני תום החוזה. שיעור הפיצויים ייקבע בהסכמת הצדדים ובהעדר הסכמה כזאת, על-ידי בוררות כנקוב בסעיף 53".
בסעיף 9 להסכם השני נקבע כך:
"(א) בתום תקופת החוזה [...] יעבור האגף השלישי על מכונותיו וציודו לרשות הממשלה ולבעלותה [...] והממשלה תהיה חייבת לשלם לכם [לדגון – הח"מ.] את התמורה כפי שתתקבל בהתאם לסעיף זה.
(ב התמורה שהממשלה חייבת לכם כאמור בסעיף קטן (א) דלעיל תיקבע, תוך הנחה שהאגף השלישי – אם עד אותו זמן יהיה קיים בתור מפעל פעיל (working concern) – גם ימשיך להתקיים בתור שכזה לצרכי בית ממגורות לאחסון, על בסיס ערכו של האגף השלישי ביום העברתו לרשות הממשלה ולבעלותה [...].
(ג) [...].
(ד) מן התמורה שתיקבע [...] ינוכה – עבור התקופות שהאגף השלישי או חלק ממנו היה מושכר לממשלה – הפחת או חלק ממנו באופן יחסי לנפח שהושכר לממשלה".
הוראה דומה לזו, מצויה בסעיף 7(א) להסכם השלישי.
עניינו של הערעור בתשלום ששולם על-ידי המדינה עבור אגפים 4-3 ("האגפים"), אשר נבנו והופעלו על-ידי דגון.
כזכור, הקמת האגפים הוסדרה בהסכמים השני והשלישי, וכאן המקום לעמוד על היחס בין ההסכם הראשון להסכמים שבאו אחריו: בהסכם השני, נאמר כי הוראות ההסכם הראשון יחולו על ההסכם השני, במידה שלא שונו או בוטלו על-ידו, והוראה דומה נקבעה גם בהסכם השלישי (בסעיף 1). לצד זאת יש לציין, כי בסעיף 8 להסכם השלישי, נאמר שהוראת סעיף 45(א) להסכם הראשון, לא תחול על האגף הרביעי.
כאמור, בתום תקופת החכירה נדרשו הצדדים לשאלת הסכום שאותו זכאית דגון לקבל מכוח ההסכמים השני והשלישי.
בהתאם להוראת סעיף 53 להסכם הראשון, פנו הצדדים לקבל הערכוֹת שווי, לעניין שיעורו של סכום זה.
נוכח קיומו של פער גדול בין הערכות השווי שהתקבלו, הוחלט על מינויו של מעריך שווי שלישי, הוא פרופ' עפר. הערכת השווי שהוגשה על-ידי פרופ' עפר התייחסה "לפעילות העסקית בממגורות 3+4 בלבד", והיא נערכה על בסיס שיטת DCF (היוון תזרימי מזומנים). על-פי הערכת השווי, שוויין של הממגורות 4-3 הוא 61,866,000 ₪ש"ח, כאשר מסכום זה יש לנַכּוֹת את הגידול בדמי החכירה הצפויים, ואת הפְּחָת באופן יחסי לשימוש של המדינה בממגורות, ולאחַר ניכויים אלה, הועמד גובה התמורה המגיעה לדגון על סך של 22,748,000 ש"ח.
המדינה שילמה לדגון את הסכום האמור, בצירוף הפרשי ריבית והצמדה, ובסך הכל 26,372,782 ש"ח ("התשלום בפועל").
ביום 29.1.2006, הגישה דגון למנהל מיסוי מקרקעין חיפה (המערער) הצהרת שומה עצמית, בגדרהּ צוין, כי דגון מכרה למדינה מקרקעין, ובתמורה קיבלה את התשלום בפועל. לשלמות התמונה יצוין, כי לטענתה של דגון, החבות במס שבח התקזזה במלואה על-ידי הפסדים.
ביום 5.7.2006, הוציא המערער לדגון שומה זמנית למס שבח, אשר העמידה את שווי המכירה על סכום של 61,866,000 ש"ח, היינו בהתאם להערכת השווי במלואה, ללא ניכויים.
בסמוך לאחר מכן, הגישה דגון השגה מנומקת על שומה זו, בטענה שהשומה הנכונה היא גובה התשלום בפועל; אך השגה זו נדחתה בהחלטת המערער מיום 26.7.2007.
ביום 5.10.2008, נשלחה לדגון הודעה בדבר תיקון שומת מס שבח, לפי סעיף 85 לחוק מיסוי מקרקעין. בהודעה זו נאמר, כי לאור בחינה נוספת, נמצא כי החזרת המקרקעין לידי המדינה לא מהווה "מכירת זכות במקרקעין", ולכן סכום הפיצוי שהועבר לדגון יחויב במס רווחי הון ולא במס שבח.
בהחלטה מיום 22.4.2010 קבעה ועדת-הערר שליד בית-המשפט המחוזי בחיפה (השופט (בדימ') מ' סלוצקי – נשיא; רו"ח ג' יחזקאלי; רו"ח ש' פסטנברג), כי המערער היה מוסמך לתקן את השומה שהוציא, מכוח סעיף 85 לחוק מיסוי מקרקעין.
לגופו של עניין, נקבע כי בסיום תקופת החכירה לא נערכה עסקה ל"מכירת זכות במקרקעין", שכּן עם תום תקופת החכירה לא הייתה בידה של דגון כל זכות קניינית אשר ניתן היה למכוֹר אותה למדינה.
לצד זאת, הִבהירה ועדת-הערר, כי דגון זכאית לפיצוי בגין השקעתה בבניית הממגורות. בהקשר זה נקבע, כי למרות קיומו של הכלל לפיו "מחוברים הולכים אחרי המקרקעין", הרי שבמקרה הנוכחי יש להניח הנחה פיקטיבית בדבר נפרדותן של הממגורות מן המקרקעין. כתוצאה מ"הפרדה" מלאכותית זו, ניתן לומר שהבעלות בממגורות היתה בידיה של דגון בתקופת החכירה. בסוף התקופה, כאשר הועברה הבעלות בממגורות לידי המדינה, בוצעה למעשה עסקה במקרקעין, ולפיכך התמורה שהתקבלה בגין הממגורות חייבת במס שבח, ולא במס רווחי הון.
בפסק-דין מיום 9.6.2011 השלימה ועדת-הערר את החלטתה הקודמת, והחליטה לקבל גם את הערר על דחיית ההשגה לעניין גובה התשלום.
צוין, כי ההפחתות שבוצעו במסגרת הערכת השווי נעשו בהתאם להסכמים שנערכו בין הצדדים. על-כן, נקבע, כי מחיר השוק הנכון של הממגורות בתאריך הקובע, הוא 22,748,000 ש"ח, כפי שנקבע ב"שורה התחתונה" של הערכת השווי, ואין מקום לפצל את הערכת השווי למרכיביה השונים.
על-סמך קביעות אלה, הגיעה ועדת-הערר למסקנה, כי שווי המכירה הוא התשלום שהתקבל בפועל, ובגינו של סכום זה מחויבת דגון לשלם מס שבח.